Hlavná správa ŠtB Ministerstva vnútra SSR bola zriadená rozkazom ministra vnútra SSR Egyda Pepycha k 1. marcu 1969.

Ako centrálna výkonná bezpečnostná zložka MV SSR bola riadiacim, kontrolným, koordinačným a vo vymedzených oblastiach výkonným útvarom s pôsobnosťou na území SSR.

Zodpovednosť za jej riadenie bola rozkazom ministra vnútra SSR zverená námestníkovi MV SSR pre ŠtB plk. JUDr. Vincentovi Ožvoldovi.

Základné úlohy HS ŠtB SSR boli upravené v dočasnom štatúte, ktorý kolégium MV SSR schválilo v júli 1969:

  1. Chrániť spoločenské a štátne zriadenie ČSSR pred činnosťou nepriateľských rozviedok a iných zahraničných nepriateľských centier.
  2. Odhaľovať trestné činy namierené proti republike, ktoré sú páchané v spojení s cudzou mocou alebo cudzím činiteľom.
  3. Odhaľovať najzávažnejšie trestné činy proti republike, páchané vnútornými nepriateľmi.
  4. Na základe rozhodnutia vlády k zabezpečeniu ochrany republiky plní Štátna bezpečnosť i špeciálne úlohy, ktoré nie sú uvedené v jej základnom zameraní.

Od 1. marca 1969 fungovala HS ŠtB SSR v nasledujúcej organizačnej štruktúre:

Náčelník HS ŠtB SSR
plk. Ondrej DOVINA
Analytický odbor
Personálny a školský odbor
Vnútorný odbor
Hospodársko-finančné oddelenie
Samostatné oddelenie inšpekcie a obrany vlastného aparátu
Správy ŠtB Bratislava, Banská Bystrica, Košice
Zástupca náčelníka Zástupca náčelníka
pplk. Jozef VAVRO
plk. Ing. Michal DUDÁŠ
   
I. odbor KR – kontrarozviedna činnosť proti rozviedke USAII. odbor KR - kontrarozviedna činnosť proti rozviedke NSR, Rakúska
III. odbor KR - kontrarozviedna činnosť proti rozviedke Veľkej Británie, Francúzska, ostaných kapitalistických štatovV. odbor KR – ochrana štátneho tajomstva
IV. odbor KR – vízoví cudzinci a oddelenie pasovej kontrolyI. odbor VS - KR činnosť proti zahraničným nepriateľským organizáciám inštitúciám a emigrantským centrám a ich vnútorným pomáhačom
Odbor sledovaniaII. odbor VS - Vyhľadávanie, odhaľovanie a dokumentácia trestnej činnosti proti republike, páchanej občanmi SSR bez spojenia na nepriateľské zahraničie
Odbor evidencie a štatistikyOdbor spravodajskej techniky

HS ŠtB SSR pri výkone bezpečnostnej práce spolupracovala s Federálnou správou spravodajských služieb a HS ŠtB ČSR.

HS ŠtB SSR riadila správy ŠtB na Slovensku umiestnené pri krajských správach ZNB. Určovala hlavný smer a zameranie ich práce po jednotlivých problematikách.

Správy a informácie zo svojej činnosti predkladala ÚV KSS a vláde SSR.

Riadenie Štátnej bezpečnosti tromi ministerstvami vnútra sa ukázalo ako problematické. Spoločným rozkazom ministrov vnútra ČSSR, ČSR a SSR prevzal, na základe uznesenia predsedníctva ÚV KSČ, minister vnútra ČSSR k 15. júlu 1970 riadenie všetkých útvarov ŠtB s výnimkou útvarov vyšetrovania ŠtB a útvarov vydávajúcich doklady na cesty do cudziny.

Dňa 20. decembra 1970 prijalo federálne zhromaždenie zákon č. 128/1970 Zb. o vymedzení pôsobnosti ČSSR vo veciach vnútorného poriadku a bezpečnosti, ktorým prešlo k 1. januáru 1971 do pôsobnosti federácie riadenie všetkých útvarov ŠtB.

K 1. januáru 1971 bola zároveň zmenená organizačná štruktúra výkonných útvarov HS ŠtB SSR:

  • I. odbor vznikol zlúčením I. – III. odboru KR,
  • II. odbor vznikol zlúčením odborov vnútorného spravodajstva,
  • III. odbor vznikol z V. odboru KR, prevzal zároveň problematiku kontrarozviednej ochrany soc. ekonomiky,
  • IV. odbor vznikol zo IV. odboru KR.

HS ŠtB SSR bola zrušená rozkazom ministra vnútra ČSSR Jaromíra Obzinu k 30. júnu 1974.